دکتر جلیلی نماینده مقام معظم رهبری در شورای عالی امنیت ملی از اواسط دهه شصت پژوهش های متعددی را در حوزه اندیشه سیاسی اسلام دنبال کرده است. سیاست خارجی پیامبر رساله کارشناسی ارشد ایشان بوده که ترجمه عربی آن در خارج از کشور به چاپ های متعدد رسیده است . دکتر جلیلی بنیان های اندیشه سیاسی اسلام در قرآن را در رساله دکتری خود بحث کرده و سالهاست این سرفصل را در دانشگاههای امام صادق و تهران تدریس می کند.